Rahim (uterus) içerisinde yer alan; her ay gebeliğe ev sahipliği yapacak şekilde hazırlanan ve gebelik olmadığı zaman yeterli hormon desteğinden yoksun kalması nedeniyle adet (menstruasyon) kanaması halinde dökülen özel hücre tabakası “endometrium” olarak adlandırılmaktadır. Bu hücre tabakası vücutta sadece rahim içerisinde yer almaktadır. Bu hücrelerin vücutta rahim dışında başka bir alanda yer alması “endometriozis” hastalığı olarak adlandırılır. Bu durum en sık olarak yumurtalıklarda, rahim arkası boşlukta (Douglas boşluğu), vajen ile barsağın son bölümü arasında, barsakların yüzeyinde, tüplerin üzerinde veya çevresinde, rahmi tutan bağların ve mesanenin üzerinde veya karın zarı yüzeylerinde, cerrahi yaralarda, dikişli doğum esnasında açılan kesilerde, çok nadir olarak da göbek deliği ,burun zarı gibi uzak organlarda görülür. En sık görüldüğü yer %75 oranıyla yumurtalıklardır.
Rahim iç tabakası adet döngüsünün seyrinde her ay kalınlaşan ve belli bir süre sonucunda kanamasıyla vücut dışına atılan bir dokudur. Rahim iç tabakası rahim yüzeyi dışında bir yere yerleştiğinde yine adet döngüsüyle birlikte kalınlaşma gerçekleşir ve yine kanamayla bu doku uzaklaştırılmaya çalışılır. Endometriozis hastalığının yerleştiği dokular vajinayla dış ortama açılan rahimin aksine kapalı sistemlerdir ve kanama bu kapalı sitemin içine (genellikle karın boşluğuna olur veya yumurtalık dokusu içine olur ki bu ilerleyen süre içinde burada endometrioma diğer adıyla çikolata kisti adı verilen yumurtalık kistlerine neden olur.) olur. Bu oluşan iç kanamalar iç bölgelerde yapışıklıklara neden olur ve buna bağlı belirtiler meydana gelir. Bu iç kanama miktarı çok az miktarda oluştuğundan hayati tehlike taşımaz.