Kadın yumurtası ile erkek üreme hücresi olan spermin bir araya gelerek döllenmesiyle meydana gelen embriyonun sağlıklı bir şekilde gelişimini sürdürememesi sonucunda, embriyonun âdet kanamasıyla vücut dışına atılması sonucunda kimyasal gebelik oluşur. Hekimlerin sıklıkla karşılaştığı, kimyasal gebelik ne demek ve kimyasal gebelik neden olur gibi soruları; yumurta hücresinin sağlıklı bir şekilde döllenememesi nedeniyle meydana gelir şeklinde yanıtlanabilir.
Gebeliğin oluşumu için ilk adım olan embriyonun meydana gelmesi sağlansa bile embriyonun rahme tutunması gerçekleşmediğinden, embriyo gelişimini sürdüremez. Dolayısıyla döllenen ve gelişimini sürdüremeyen döllenmiş yumurta âdet kanaması ile birlikte vücuttan atılır. Kimyasal gebelik nedenleri arasında; rahimde var olan anomaliler, hormonal düzensizlikler, tiroit ve genetik problemler de yer alabilir.